Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Strateji Araşdırmalar Mərkəzinin elmi şurası Mərkəzin direktorundan, onun müavinindən, elmi katibdən və ölkənin aparıcı alimlərindən ibarətdir. Elmi şuraya Mərkəzin direktoru başçılıq edir. Direktor elmi şura haqqında əsasnamə təsdiq edir və Mərkəzdə aparılan müxtəlif araşdırmaları ölkə üzrə əlaqələndirmək üçün elmi qruplar yaradılır.
